我院李春权团队在超级增强子转录调控网络领域取得突破性进展

近日，我院李春权教授科研团队在超级增强子转录调控网络领域再次取得突破性进展。该成果已发表在国际知名学术期刊《Nucleic Acids Research》（IF=19.160）上，文章题为“SEanalysis 2.0: a comprehensive super-enhancer regulatory network analysis tool for humanmouse”。

作为DNA调控元件，超级增强子 (SE) 具有富集大量转录因子（TF）结合并进一步显著调控细胞关键基因表达的优越能力。已有研究表明，这些TF通常受关键信号通路的调节，在细胞发育中起着至关重要的作用。TF可以通过改变SE来影响疾病进展和细胞谱系发育。显然，在许多生物过程的调控机制中，通路、TF、SE和基因之间的功能相互作用形成的复杂网络尤为重要。为此，李春权教授团队自主研发了在线软件分析平台SEanalysis，用于SE的上下游调控网络分析。SEanalysis是SE领域的第一款基于web平台的在线SE上下游调控网络分析工具。为进一步满足研究需求，阐明SE相关网络的调控机制，李春权教授团队近日发布了SEanalysis平台的更新版本SEanalysis 2.0，用于全面分析由SE、通路、TF和基因组成的转录调控网络。SEanalysis 2.0中的SE相关样本量是1.0版本的5倍多，显著提高了原有SE相关网络分析理解上下游特异性基因调控的能力。总体而言，SEanalysis 2.0有两大改进：数据扩展和分析功能增强，有助于研究人员深入了解SE的调控机制。

目前，SEanalysis 2.0记录了2670个样本中的1,717,744个SE，包括1739个样本的1,167,518个人类SE，以及931个样本的550,226个小鼠SE。随着数据的增加，SE相关的调控网络覆盖了更多关于SE、TF、潜在通路和基因的调控信息。因此，SEanalysis 2.0改进了1.0中原有的三个分析功能，同时增加了两个新的分析功能：“TF调控分析”和“样本比较分析”，以支持对TF驱动的SE调控网络进行更全面的分析。此外，SE区域中风险SNP的富集可以在细胞类型特异性水平上提供疾病/性状的潜在机制信息，进一步促进了对表观基因组网络调控的生物学机制的理解。总而言之，SEanalysis 2.0有助于更好地探索SE在疾病发生的分子机制和细胞生物学过程中的关键作用，协助研究人员更深入地了解SE。